Mistrató fue fundado hacia 1600 con el nombre de Arrayanes, más tarde pasó a denominarse San Clemente. Fue corregimiento de Anserma (Caldas) hasta 1925, año en que fue erigido municipio con la actual denominación.

Desde 1946 existió un puesto de socorro, hasta allí llegaban los médicos de Anserma (Caldas) a lomo de mula para atender esporádicamente las consultas de los pobladores del corregimiento. Los pacientes que ameritaban cirugía y otro tipo de atención, debían ser trasladados en camilla o a lomo de mula hasta Anserma (Caldas) para ser atendidos allí. En 1956 el alcalde Narciso Medina y el corregimiento se unieron en un solo esfuerzo con el fin de fundar y construir un puesto de socorro con comodidades más dignas de las necesidades de los pobladores. Con ocasión de este puesto fue ascendido a la categoría de hospital diez años después ampliándose la cobertura de sus servicios.

Unos años después el servicio de salud Risaralda, tomó la decisión de rebajar la Categoría del hospital a centro hospital, efectuándose recorte de personal y presupuesto. Luego en 1995 la ciudadanía mistraténse solicita ante el Ministerio de Salud la reclasificación del centro de salud en hospital y la ampliación del servicio, el cual se consiguió mediante acuerdo 005 de febrero 20 de 1995 en la alcaldía del Sr. Gustavo Sierra; luego mediante el acuerdo 052 de febrero 10 de 1996 se decretó como Empresa Social del Estado.